As primeiras linhagens de células-tronco embrionárias foram derivadas em 1981, a partir de embriões de camundongo.
As dificuldades técnicas, além das questões legais e éticas envolvidas, atrasaram a derivação das primeiras linhagens humanas. Só em 1998 (17 anos após a derivação da linhagem de camundongo), foram descritas as primeiras linhagens de células-tronco embrionárias humanas. Uma delas é chamada H9 e é até hoje a mais utilizada em pesquisa, já que as células podem ser expandidas (pelo processo de auto-renovação) e congeladas. Estas linhagens foram obtidas a partir da massa celular interna de blastocistos humanos, produzidos por fertilização in vitro. Os embriões usados seriam descartados e foram doados para pesquisa, com o consentimento informado dos doadores.
Desde então, várias linhagens de células-tronco embrionárias têm sido derivadas em diferentes locais em todo o mundo, e esse campo de pesquisa segue crescendo. No Brasil, a primeira linhagem de células-tronco embrionárias humanas foi derivada em 2009, pelo grupo do LaNCE-SP, coordenado pela Profª Lygia Pereira.
O desenvolvimento dessa tecnologia trouxe novas perspectivas para o estudo do desenvolvimento e embriogênese humana, para as terapias celulares e para a descoberta e teste de novos fármacos.
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